动作动画电影《忍者神龟动画版》讲述了当世界被来自古老的邪恶所威胁，四个青少年神龟必须重新联合起来并且克服它们自己的缺点以对抗他。

在纽约市的下水道之中，居住着四只功夫高强的忍者神龟，他们夜间出动，除暴安良，成为了城市英雄。不过，英雄传说如今只是街头小料，在几经周折打败了老对手--大恶魔施莱德之后，亲如一家的忍者神龟们却渐渐疏远，就差没四分五裂了。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和四个情同儿子的家人待在一起。尤其是纽约市出现了一系列无法解释的古怪事件，让斯普林特更加眉头紧锁。

原来，亿万富翁、高科技巨子马克斯·温特斯，试图抓住3000年一次的行星异动，召集一支远古魔兽军团，妄图称霸世界！而神龟的宿敌--纽约大脚忍者帮派，也加入了温特斯旗下，为虎作伥。这支最终形态的精英忍者们，本就隶属施莱德掌控，如今在施莱德义女凯利的领导下，更是组织严明。事到如今，只有一支超级忍者战斗队能阻止邪恶势力，拯救地球！超级忍者鼠老师和唯一留在下水道大本营的莱昂纳多，必须重新齐集神龟伙伴--米开朗基罗、多纳泰罗和拉斐尔，在老朋友艾普莉尔·奥尼尔和凯西·琼斯的相助下，上天入地，再显神龟英雄本色！